故事发生在未来时代，由于宇宙战乱不断，大批外星人纷纷到地球避难。这里所说的黑衣人是专门对付外星人的特殊平平安安，他们的职责就是监视在地球上生活的外星人以及外星人对地球有什么举动。K和J是MIB的成员，他们的任务就是监督外星人在地球上的活动。然而在一联串调查未登记外星人访地球记录时，K和J竟发现银河中的恐怖份子正秘密的行动准备刺杀另一星球的大使。由于这个举动将引起宇宙间的征战、世界将面临崩溃，K和J...