华灯初上的夜晚，哥谭市正在举行盛大的年度人物颁奖晚会，野心勃勃的总统候选人莱克斯·卢瑟（Clancy Brown 配音）输给风流倜傥的布鲁斯·韦恩（Troy Baker 配音），心有不甘。正在掌声雷动的时刻，小丑（Christopher Corey Smith 配音）带领爪牙大闹典礼，洗劫钱财。关键时刻，蝙蝠侠（Troy Baker 配音）和罗宾（Charlie Schlatter 配音）及时...

　　2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的...