スペシャル・デザイン：吾妻ひでお、いがらしゆみこ、いしいひさいち、大友克洋、高野文子、高橋留美子、竹宮惠子、とり・みき、鳥山明、細野不二彦、御厨さと美、和田慎二...

　　柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。　　大木提前入住B塔被...

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的...

　　宁静祥和的空座镇迎来金黄色的秋天，黑崎一护（森田成一 配音）和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）刚刚处理完虚作乱的事件，镇车站旁便出现成群的欠魂。它们四处游走，任何驱逐方法都失去效力。正当他们一筹莫展之时，持有斩魂刀“弥勒丸”的死神少女茜雫突然出现，并成功驱散欠魂。露琪亚对一连串的事件颇感不安，于是回到尸魂界调查。从护廷十三队的口中，一护得知现世和尸魂界中间的断界出现新的空间，并且不断膨胀，导致现...

　　炎炎夏日，茂下町的烟花大会即将举行。就读于当地高中的及川奈砂（广濑铃 配音）并未沉浸在愉快祥和的气氛之中，她即将随母亲（松隆子 配音）搬家到另一个城市，心中满是失落。在某次即兴的游泳比赛时，奈砂击败同班同学岛田典道（菅田将晖 配音）和安昙祐介（宫野真守 配音）。随后她坦白喜欢祐介，希望烟花大会时能与对方一同游玩。可是祐介、典道随后卷入和朋友们关于“烟花到底是圆是扁”的争论中，大家约好当晚一起去...

　　在实验室里工作的涅被像镰刀一样的东西袭击，身体产生了异变。　　涅突然像疯了似的，没有缘由地乱敲试验装置的操作盘。　　於是，一瞬间瀞灵廷被灵子云所覆盖，死神们都准备去联络涅。　　当剑八冲进涅的实验室时，发生了巨大的灵子爆炸。 然后，瀞灵廷被破坏了。　　露琪亚惊愕地在远处发现了瀞灵廷被破坏，在她面前出现了某个影子。　　那个影子向露琪亚斩下镰刀，露琪亚的身体（心）之中像是有什麼东西消失了……　　同时...

故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时...

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案。被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于案发范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，名侦探毛利小五郎也被邀请参加，江户川柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，江户川柯南无意中听到群马县的山村操警官哼唱的童谣，继而发现有黑暗组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的苦艾酒，得知近期一连...

故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧...

　　在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护，　　被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中　　和同伴一起也成长了很多。　　因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。　　新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。　　一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。　　另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失　　被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪　　并且死神们...